طالبان در مراسمی که برای بزرگداشت نهمین سالگرد مرگ بنیانگذارش در کابل برگزار کرد، گفت که مرگ او بر اثر ابتلا به بیماری "سل" بوده است.
خبر مرگ ملاعمر در سال ۲۰۱۵ میلادی، اعلام شد اما مرگ دو سال پیشتر، یعنی در سال ۲۰۱۳، رخ داد.
سخنگوی طالبان چند سال بعد، تاریخ مرگ او را روز ۴ اردیبهشت/ثور برابر با ۲۳ آوریل/آپریل اعلام کرد. امروز سخنگوی این گروه، بعد از ۹ سال گفت که ملاعمر در اثر ابتلا به "سل" درگذشته است.
در حالی که دولت پیشین افغانستان گفته بود که ملامحمد عمر در دو سال آخر زندگی در پاکستان بوده و همانجا در بیمارستانی در شهر کراچی در جنوب پاکستان "به شکل مرموزی" درگذشته؛ طالبان اما همواره تاکید کرده است که او همیشه در داخل افغانستان بود.
محل دقیق درگذشت ملاعمر اهمیت زیادی دارد. دولت پیشین افغانستان همواره تاکید میکرد که درگذشت ملاعمر در پاکستان نشاندهنده وابستگی این گروه به پاکستان است؛ "وابستگی"ای که مقامات طالبان آن را قبول ندارند. اگرچه براساس بسیاری از گزارشها رهبران و فرماندهان این گروه در چند دهه گذشته در پاکستان بودهاند.
بعد از تایید خبر مرگ ملاعمر، اختر محمد منصور، به عنوان رهبر جدید اعلام شد. منصور، از فرماندهان برجسته طالبان و نزدیک به ملاعمر بود. ۱۰ ماه بعد از اینکه او رسما رهبری را برعهده گرفت، زمانی که به گفته پاکستانیها از سفرش به ایران به پاکستان برمیگشت، یک هواپیمای بدون سرنشین ( پهپاد) در خاک پاکستان او را هدف قرار داد و کشت.
چند سال بعد از مرگ اختر منصور، آژانس تحقیقات فدرال پاکستان ( FIA) ادعا کرد که او در پاکستان سرگرم "خرید و فروش زمین و خانه بوده است."
در پی مرگ ملاعمر، تغییرات گستردهای در ساختار گروه طالبان پدیدار شد. تنشهای داخلی بالا گرفت و بعد از اعلام رهبری جدید، گروهی از بدنه اصلی در مخالفت با اختر محمد منصور، منشعب شدند.
چندین ماه بعد از مرگ اختر محمد منصور، هبتالله آخوندزاده، به عنوان رهبر گروه طالبان اعلام شد. به گفته ناظران او تا حدی توانسته طالبان را منسجم بسازد. در آغاز رهبری او، شبکه حقانی به ساختار طالبان پیوست و فرمانده این شبکه رسما به عنوان معاون رهبر طالبان منصوب شد.
شبکه حقانی اگرچه به گفته تحلیلگران همواره ارتباطی ویژه و تنگاتنگ با طالبان داشته است، در موارد بسیاری کاملا مستقل عمل میکرد و دستکم تا زمان رهبری آخوندزاده، رسما از آن به عنوان معاونت رهبری طالبان یاد نمیشد. این اقدام در تئوری و عمل باعث شد تا حقانیها رسما وارد بدنه گروه طالبان بشوند و آهستهآهسته، به هسته اصلی قدرت گروه تبدیل شود.
طالبان در نهایت در نیمه اوت/آگوست سال گذشته میلادی وارد کابل شد و اختیار همه چیز را بدست گرفت.
بعد از تسخیر قدرت، محمد یعقوب پسر ملا عمر، وزیر دفاع دولت طالبان اعلام شد. عبدالمنان، برادر بزرگ ملاعمر، وزیر فوائد عامه و سراجالدین حقانی هم وزیر داخله/کشور شد.
